１００万円で取得した株式を１００万円で売却する。このような取引を実行しても、譲渡による損益はゼロですので、税負担は生じないと考えるのが常識的な理解です。しかし、今回の金庫株（自己株式）の改正では、このような場合であっても配当所得課税が行われる可能性が生じてしまいました。売主が法人の場合には、同じ取引であっても、逆に、譲渡損の計上による節税ができてしまうかもしれません。
商法２１０条は、配当可能利益を限度としてですが、自己株式を自由に購入できることにしました。それと同時に改正されたのが自己株式の取得と売却についての税務上の取り扱いです。新たに採用された税務上の理屈を一言で説明すれば、自己株式の取得は、売買取引ではなく、資本取引と認識されることになったと理解すれば良いと思います。減資、増資、あるいは配当金の支払いと同じ種類の資本取引です。
そこで、まず、理解を容易にするために、この課税関係を説例を持って説明すれば次の通りです。
株主ａが所有する株式１００株を発行会社に譲渡する。ａの取得価格は１株１００万円で、会社への売却価格も１株１００万円。そして、発行会社の１株当たりの資本構成は次の通りだとします。
株主ａは、１００万円で取得した株式を１００万円で売却するのですから、売却による損益はゼロのはずです。しかし、税務上の計算は異なってきます。ａは６０万円を譲渡の対価として受け取り、差額の４０万円を配当として受け取ったとみなされます。したがって、株主ａには、４０万円の譲渡損（１００万円で取得した株式を６０万円で売却した）と、４０万円の配当所得が認識されることになります。
なぜかというと、株主ａに支払われるのは、株式の譲渡の対価ではなく、会社の資本の部に計上された１株当たりの資本金と留保利益の払い戻しだと理解されるからです。
説例によれば、会社には１株当たり６０万円の資本金と４０万円の利益積立金が存在しますので、これが株主に払い戻されます。そして、利益積立金の株主への払い戻しは利益の配当（配当所得）になります。１００万円から配当とみなされた４０万円を差し引いた残額６０万円は、取得価格１００万円に対応する資本金の払い戻しです。だから、取得価格に不足する４０万円の差額は有価証券の譲渡損失と認識されるわけです。
株主ａが個人の場合であれば、通常は、有価証券の譲渡損失は分離課税の範囲内で切り捨てられ、配当所得にだけ課税されることになってしまいます。株主ａが法人であれば、有価証券譲渡損は損金に算入されますが、受取配当金は益金不算入（一部制限がありますが）との取り扱いを受けることができるわけです。この結果が冒頭に説明した課税関係、つまり、１００万円で取得した株式を１００万円で売却した場合でも、これが個人なら配当所得課税が行われ、法人の場合なら、逆に、譲渡損の計上による節税ができてしまうとの課税関係です。
ただ、以上のような課税の理屈は証券取引所に上場されている株式の売買には適用されません。上場株式を売却した場合は、仮に、それが自己株式として発行会社に買い取られた場合であっても、通常の有価証券の譲渡として分離課税の対象（個人の場合）になるだけです。市場での売却では、誰が買い手かが分からないというのが理由です。
このような課税関係に加え、有価証券の譲渡益に対する課税（譲渡益の２６％）に比較し、配当所得に対しては総合課税（最高税率５０％）であることを考えると、自己株式の買い入れを原則自由とした商法２１０条の改正の方向とは逆に、株式を上場していない中小企業の場合には、自己株式の買い取りは行えなくなってしまったと考えるのが税務業界の理解です。
なお、金庫株についての税務通達はまだ公表されていません。時価を下回る価額での自己株式の買い取りがあった場合の取り扱いなどについて、どのような通達が公表されるのかが待ち遠しいところです。
http://www.nta.go.jp/category/tutatu/tutatu.htm