ａ社は、毎期利益を計上している同族のｂ社を吸収合併しました。しかし、この合併には次のような事情がありました。１）ａ社は、もともと休業状態の会社で９０００万円を超える繰越欠損金を抱えていたこと、２）合併後に営まれた事業はｂ社が営んでいた事業のみであること、３）ａ社は合併と同時に商号をｂ社に変更していること。
そして、ａ社は合併後、ｂ社から承継した事業で利益を獲得すると共に、ａ社の繰越欠損金（５年内の青色繰越欠損金）を損金に算入して利益を相殺してしまいました。
このような事案について審判所は次のように判断して繰越欠損金の損金算入を否認しました。ａ社は、５年内の青色繰越欠損金を利用するために、逆さ合併の形式を採用したのであるが、これは法人税法５７条（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰り越し）の規定の趣旨に反する繰越欠損金の損金算入であり認められない。
「逆さ合併」とは次のような概念です。本来であれば事業を行っているｂ社を存続会社とし、休業状態のａ社を消滅会社として合併すべきところ、この方法ではａ社の繰越欠損金が利用できなくなってしまう。そこで、逆に、ａ社を存続会社とするが、しかし、その実態はｂ社の事業の継続にあり、合併の目的は、単にａ社の繰越欠損金を利用することだけにある。
これは「逆さ合併」について最近に公表された裁決事例（平成１３年１月２２日裁決）です。しかし、せっかく公表された裁決ですが、この理屈は昨年度の組織再編成税制によって過去の知識になっています。組織再編成税制では、繰越欠損金の理論は今までの取り扱いとは全く異なります。
組織再編成税制での取り扱い＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
適格合併が行われた場合に、合併存続法人（上記の例ではａ社）の繰越欠損金が利用できることは当然として、被合併法人（ｂ社）に繰越欠損金があるときは、これも合併存続法人の繰越欠損金とみなして、合併後のａ社の所得計算において利用することができます（法人税法５７条２項）。
適格合併というのは、一定の要件を整えた合併です。つまり、１）１００％の持分関係のある会社間の合併、あるいは、２）５０％を超える持株関係があり、かつ、従業員等の８０％が承継され、かつ、事業が承継される合併、さらには、３）相互に関連する事業を共同で営むための合併で、２）の要件に加え、事業が相互に関連し、かつ、事業の規模が５倍以内であり、さらに合併法人から交付を受けた株式を継続して保有することが見込まれる株主の持株が８０％以上であること。
しかし、適格合併の場合であっても、次のような事実がある場合は、ｂ社（消滅会社）の繰越欠損金だけではなく、ａ社（存続会社）の繰越欠損金も使えなくなってしまうとの恐ろしい結果になります（法人税法５７条３項、６項。繰越欠損金と同様の意味を持つ資産の含み損については法人税法第６２条の７）。
つまり、消滅会社と存続会社との間の５０％を超える持株関係が合併の直前に成立したものである場合は、その成立した日以前に生じた繰越欠損金は利用できなくなるとの制限です。
たとえば、ａ社には４年前に発生した繰越欠損金１０億円があるとします。そして、ａ社は、２０％の持分を持っていたｂ社について、ここで第三者が所有していた株式を買い取り、１００％の子会社にしてからｂ社を吸収合併しました。
このような場合は、１００％持分の子会社の吸収合併として適格合併にはなりますが、しかし、この合併をしたが為に、ａ社が保有していた繰越欠損金１０億円は利用できなくなってしまうのです。なぜなら、ａ社の繰越欠損金は、ｂ社との「５０％を超える持分関係」が生じるより前に発生した繰越欠損金だからです。
一読して頂いただけでは理解して頂くのが困難な取り扱いですが、合併と繰越欠損金の取り扱いについては、組織再編成によって、従前の取り扱いは全て廃止され、全く新しい概念が取り入れられることになったと、頭の片隅に知識をストックして頂けたらと思います。